המהר"ל נולד בשנת ה'רע"ג (1515) בפוזנא שבפולין, שם התיישבו אבותיו שבאו מעיר ווארמס בסוף המאה הט"ו, ונפטר בפראג ח"י אלול שס"ט (1609). קהילת פראג הקימה על קברו ועל קבר אשתו מצבה גדולה.
שקד כל ימיו על לימוד התורה בקדושה ובטהרה. בגיל 32 נשא לאישה את בתו של אחד מעשירי העיר (ר' שמואל), בשנת ה'שי"ג החל לכהן כרבה של ניקלשבורג ולאחר 20 שנה חזר לפראג (צ'כיה).
בשנת שי"ג נתקבל לרב בניקלשבורג ומדינת מעהרין כולה. עשרים שנה שירת ברבנותו זו, ועשה שם להפצת התורה והרמת המצב הרוחני בעדתו ובכל המדינה כולה. בשנת של"ג – 1573 – חזר לפראג, וייסד בה בית מדרש גדול לתורה שהיה מפורסם בשם "הקלויז". שם לימד תורה במשך אחת עשרה שנה.
אם כי המהר"ל לא שימש אז ברבנות פראג באופן רשמי, היה מוכר כמנהיגה הרוחני של קהלת פראג. עדות לכך היא דרשתו בשבת הגדול (בשנת שמ"ג), שהייתה מתפקידו של הרב.
בשנת שמ"ד – 1584 – עזב את פראג לשנים אחדות, לטובת רבנות עיר מולדתו פוזנא. (לדעה אחרת חזר למדינת מעהרין). בשנת שמ"ח – 1587 – שב לבית מדרשו בפראג.
שמעו של החכם היהודי הגיע לאזני המלך הנאור הקיסר רודולף השני, שהזמין אליו את המהר"ל לשיחה ארוכה וידידותית (שנ"ב – 1592). אולם חודשיים אחרי המאורע שוב עוזב מהר"ל את פראג, כי נבחר לרב ראשי בפוזנא ובמדינת פולין גדול כולה. בפוזנא מצא לו כר נרחב לעבודה רוחנית וציבורית פורייה, ושם הנהיג תקנות והכניס תיקונים חשובים בחינוך.
בשנת שנ"ח נעתר להזמנת קהלת פראג, שב אליה כרב ראשי וישב בה עד יום פטירתו, בשנת שס"ט (1609) .
בין תלמידיו בבית מדרש זה נתפרסם ביותר ר´ יום טוב ליפמן הלר, בעל "תוספות יום טוב" למשנה. תלמיד ידוע אחר שלו הוא בעל ה"כלי יקר" הרב שלמה אפרים מלונטשיץ, ששימש אחרי המהר"ל ברבנות בעיר פראג. בנו הבכור ר´ חיים היה חברו של הרמ"א, והם למדו יחד אצל ר´ שלום שכנא הרב בלובלין.
המהר"ל עסק הרבה בענייני חינוך. הוא דרש לחזור למבנה הלימוד הכתוב במשנה: בן חמש למקרא, בן עשר למשנה, בן חמש עשרה תלמוד. דרש ללמוד עברית ודקדוק.
גם בחינוך המבוגרים דרש ללמוד משנה, וביזמתו נוסדו חברות משניות בכל העולם היהודי. תלמידו ר´ יום טוב ליפמן הלר, שפרש את המשנה, כותב כי קהילות קרובות ורחוקות קבלו על עצמן ללמוד משניות.
מהר"ל היה גדול עוד בדורו ואחרי פטירתו יצא שמו לתהילה בכל רחבי העם היהודי. עסק גם בקבלה ובצירופי שמות, ונכדו ר´ נפתלי כהן אומר עליו כי שימש ברוה"ק.
הרבי מלך המשיח מעיד כי שמע מכ"ק אדמו"ר הריי"צ שראה בעצמו בעליית הגג של בית הכנסת בפארג, את הנשאר מהגולם שעשה המהר"ל על מנת לסייע ליהודים בעיתות צרה שעברו על עם ישראל בתקופתו.
